Op 24 oktober 1648 maken de Verdragen van Westfalen een einde aan de Dertigjarige Oorlog in Duitsland (en de Tachtigjarige Oorlog in Nederland). De grote religieuze verdeeldheid blijft echter bestaan. In navolging van met name Hugo de Groot neemt Samuel Pufendorf deze onenigheid tot uitgangspunt, en leidt er de grote waarde van tolerantie uit af. Verder trekt hij de conclusie dat politieke theorie, wil ze universeel en dus voor mensen van verschillende gezindten aanvaardbaar zijn, zich moet losmaken van de theologie, zoals de natuurwetenschappen al met veel succes gedaan hadden.
Duitsland is dan bepaald geen politieke eenheid. Het bekende grapje over het Heilige Roomse Rijk der Duitse Natie is nu meer van toepassing dan ooit te voren: het is noch Heilig, noch Rooms en zelfs geen Rijk. Het bestaat uit zo’n driehonderd verschillende, ongelijksoortige territoria. In naam is de keizer gezagsdrager, maar in de Verdragen van Westfalen erkent hij de verregaande autonomie van de grootste vorstendommen. Al met al een onoverzichtelijk geheel dat Pufendorf een doorn in het oog is.
Pufendorf is geboren in 1632. Als zoon van een Lutherse dominee gaat hij theologie studeren, maar stapt al gauw over op rechten en filosofie. Vooral de werken van De Groot en Thomas Hobbes leest hij gretig. Na voltooiing van zijn rechtenstudie in 1658 wordt hij huisleraar bij de Zweedse afgezant in Kopenhagen. Door de Deens-Zweedse oorlog belandt Pufendorf in een Deense cel. Daar overdenkt alles wat hij gelezen heeft van Grotius en Hobbes en bedenkt een eigen rechtssysteem, dat hij naderhand uitwerkt.
Na zijn vrijlating voegt hij zich bij zijn pupillen in Nederland. Hugo de Groots zoon Peter beveelt hem aan bij keurvorst Karel Lodewijk van de Palts. Pufendorf draagt zijn geschrift aan de keurvorst op, die voor hem aan de universiteit van Heidelberg een leerstoel natuurrecht en volkerenrecht creëert, de eerste in zijn soort. Het pamflet dat Pufendorf vervolgens (anoniem) publiceert over de volgens hem belabberde organisatie van de Duitse naties veroorzaakt enorme ophef, wordt verboden op de Duitse universiteiten en door de Paus in de ban gedaan.
Pufendorf gaat naar Zweden, naar de universiteit van Lund. Daar schrijft hij zijn omvangrijke hoofdwerk Over het natuurrecht en volkerenrecht (1672), dat hij opdraagt aan de Zweedse koning. Als de Denen in 1676 Lund innemen, verhuist Pufendorf naar het hof in Stockholm, om daar ‘Rikshistoriograf’, koninklijk geschiedschrijver, te worden.
Ondertussen heeft in Duitsland het keurvorstendom Brandenburg zich onder de bezielende leiding van keurvorst Willem Frederik ontwikkeld tot een van de grootste (protestantse) machtsblokken. Het wordt een staat zoals Pufendorf die graag ziet: centraal bestuurd en strak georganiseerd, met een gedisciplineerd leger en met een vorst die het staatsbelang voorop stelt.
Hoewel Willem Frederik eerst (financiële) steun had gezocht en gevonden bij Frankrijk, keert hij zich van Lodewijk XIV af als deze in 1685 het Edict van Nantes herroept en de protestanten hun rechten verliezen. Willem Frederik nodigt de verdreven Hugenoten formeel uit, die daar in groten getale op ingaan. Hij nodigt in 1688 ook Pufendorf uit, die in 1687 een pamflet tegen de herroeping schrijft en het opdraagt aan… Willem Frederik. Volgens Pufendorf moeten kerk en staat (kerkelijk recht en staatsrecht) strikt gescheiden zijn, en als het erop aan komt, moet de laatste voorrang hebben op de eerste. Willem Frederik overlijdt echter datzelfde jaar, maar zijn zoon en opvolger Frederik benoemt Pufendorf tot historicus en geheimraad. Pufendorf overlijdt in 1694.
